L'eau issue des calcaires et de la craie est moyennement minéralisée et souvent dure (dureté* comprise entre 15 et 30°), ce qui est le cas de 90 % des captages d'eau potable. Elle est par contre généralement peu minéralisée et agressive pour l'eau issue des sables du Perche (10 % des captages).

Le principal indicateur de la pollution des nappes et de leur vulnérabilité est la teneur en nitrates. Cet élément est en effet très largement utilisé en agriculture pour la fertilisation des terres et également présent dans nos eaux usées. Plus sa concentration est élevée dans les nappes plus celles ci auront tendance à être polluées par n’importe quel produit épandu sur les sols.

Les nappes contenues dans le calcaire de Beauce et la craie séno-turonienne sont les plus touchées par la pollution diffuse nitratée. On assiste à une forte dégradation de leur qualité après des hivers très pluvieux comme en 1983 ou 2000.

La surface du département concernée par le dépassement de la limite des 50 mg/l de nitrates est ainsi passée de 10% en 1995 à 25% en 2000 puis 40% en 2001. La situation est restée stable de 2002 à 2005 du fait que ces hivers n’ont été que moyennement arrosés mais on pourrait constater une nouvelle dégradation de la qualité dès le prochain hiver excédentaire en pluies.